Церковь во имя Казанской иконы Божией Матери имеет свою древнюю и весьма любопытную историю. Она основана в память о начале работ по сооружению каменной крепости в 1566 году. Не случайно один из приделов храма был освящен в честь святых апостолов Иасона (Насона) и Сосипатра, в день которых – 28 апреля 1566 года – состоялась закладка Вологодского кремля.

Первоначально храм был деревянным. Он находился на территории крепости неподалеку от царского дворца и кафедрального Софийского собора. В начале XVII века (по данным писцовой книги в 1627 году) внутри крепости (города) был отстроен новый гостиный двор, по соседству с которым оказалась церковь Казанской Божией Матери.

В 1679 году от пожара, возникшего на гостином дворе, пострадала и Казанская церковь. Это происшествие нашло свое отражение в летописи: «въ лето 7188-е месяца сентября въ 27 день против 28 числа въ шестомъ часу нощи былъ пожаръ у нас на Вологде, зажгли позаде гостина двора, за разбойной тюрмой, неведомый воръ, и горели две церкви, одна на гостине дворе, а другие Казаньские Богородицы церковь да у Казаньския же была другая церковь старая, а стояла в иконномъ ряду 10, и та згорела, да и гостинъ дворъ и ряды все и таможня и земския избы и сыскной приказъ, все згорели».

Пожар полностью уничтожил древнюю церковную постройку, но имущество храма в целом не пострадало. В том же 1679 году местные прихожане обращаются к архиепископу с просьбой о разрешении строительства нового деревянного храма: «Государю Преосвященному Симону, архиепископу Вологодскому и Белоозерскому, бьютъ челом твой святительской богомолецъ храма Пресвятый Богородицы Казанские и святыхъ Апостолъ Ассона (Иасона) и Сосипатра попъ Иванъ да церковный старостишко Тимошка Ивановъ и приходские люди того храма. Въ нынешнемъ, государь, во 7188 году (1679), сентября противъ дванадесять осьмаго числа въ ночи волею Божию въ пожарное время тотъ храмъ и съ пределы згорели, а изъ нихъ святые иконы и церковная утварь и книги въ целости вынесены.

Умилостивися, государь Преосвященный Симонъ, архиепископъ Вологодский и Белозерский, пожалуй насъ, благослови, государь, намъ на томъ церковномъ погореломъ месте вновь храмъ воздвигнуть Богородицы Казанские, да Ассона и Сосипатра, и лесъ ранить и купить и ставить, и о томъ дать свою святительскую благословенную грамоту. Государь, святитель, смилуйся».

Новый деревянный храм просуществовал вплоть до начала второй половины XVIII века. В 1760 году преосвященный Пимен дал разрешение на постройку каменного храма. Как известно из жизнеописания владыки,«работникам, строившим внутри града Вологды каменную церковь Казанской Божией Матери», архиепископ распорядился давать из архиерейского дома пищу.

В разное время местность, где расположена церковь, именовалась по-разному. Так, в XVIII столетии она была известна под именем «Числиха» и состояла из большого числа мелких домишек. Согласно исследователю С. А. Непеину, домики эти так тесно примыкали один к другому, что «бабы, не выходя из них, через дверь или окошко передавали соседям на ухвате горшки». На улице можно было разъехаться не иначе, как перевернув одну телегу на бок. По другим данным название «Числиха» происходит от слова «число». Так называли место пребывания монголо-татарской администрации в городе.

Близ Казанской церкви было большое болото, именовавшееся Репным – здесь продавали репу и другие овощи. Сама церковь в ряде документов называется «Казанской Божией Матери на Болоте», а иногда и «Казанской на Торгу» (кстати, соседняя с ней Покровская церковь также имеет приставку «на Торгу»). Следы Репного болота заметны в сквере по проспекту Победы и доныне. В осеннее и весеннее время вода долго не уходит с газонов.

Казанская церковь возведена в лучших традициях древнерусского зодчества, добротно и просто. Форма постройки кубическая с одной главой, низкая трапезная с двумя главками над приделами. Над трапезной стояла колокольня шатрового типа с маленькой главкой. Храм имел три придела: Андрея Первозванного, Адриана Пошехонского, апостолов Иасона и Сосипатра. Убранство фасадов здания состояло из плоских лопаток, расположенных по углам, и простых карнизов в завершении. Вход в храм открывал перспективный портал с рядом арок и колонн. С южной стороны к церкви было пристроено каменное крыльцо с колоннами, а над входом помещался живописный образ Знамения Божией Матери.

Вскоре после постройки храм был расписан. Авторами стенной росписи Казанской церкви, предположительно, были живописцы Спасо-Прилуцкого монастыря Яков Алексеев Коростин и его сын Федор. Росписи Казанской церкви в настоящее время находятся под позднейшими записями и закрасками. В процессе реставрационного исследования этого памятника были раскрыты фрагменты композиций: «Жена, облаченная в солнце» (по Апокалипсису) и «Вознесение», позволяющие судить о стилистических особенностях росписи. Исследователи отмечают, что живопись Казанской церкви, принадлежащая кисти вологодских художников 60-х годов XVIII века, при малом числе сохранившихся росписей этого времени представляет особенную ценность.

Древний храм во имя иконы Казанской Божией Матери почитался местными архиереями и прихожанами. Большое значение для церкви имело ее близкое расположение к Софийскому собору и царскому дворцу, а позднее – к гостиному двору, что предполагало особое внимание к храму как со стороны вологжан, так и гостей города. Известно, что во время своего визита в Вологду в нем побывал о. Иоанн Кронштадский.

В XIX – начале ХХ века местность около храма представляла обширную Казанскую площадь, которая являлась одним из центров торговли города. За храмом закрепилось новое название – церковь Казанской Божией Матери на Торгу. Городской рынок (так называемый Старый базар) существовал здесь до середины 1970-х годов. Торговое значение местности сохранилось до настоящего времени.

Казанская церковь на Торгу сохраняла свою приходскую самостоятельность до 1820 года, после чего была приписана к церкви Покрова Пресвятой Богородицы.

Церковь Казанской иконы Божьей Матери была закрыта 4 июня 1929 года. В июне того же года правление центрального рабочего кооператива «Вологжанин» обратилось в губернский административный отдел с просьбой передать в аренду Казанскую церковь под кондитерское производство, «...так как свое помещение находилось в стесненных условиях и было закрыто на основании решения санитарной комиссии». Тогда же аналогичная просьба о предоставлении здания бывшего храма под устройство тракторно-ремонтной мастерской поступила властям от правления Селькредсоюза. Однако помещение закрытой церкви было передано Окрархивбюро под хранение документов из бывших уездов.

В 1930-х годах храм лишился своего завершения. Изящная шатровая колокольня, судя по фотографиям, была разобрана в конце 1940-х – начале 1950-х годов. Во время разрушения она частично повредила трапезную. До 1970-х годов в закрытом храме располагались торговые конторы. После перевода городского базара в другое место, вологодские власти всерьез рассматривали вопрос о строительстве на Торговой площади высотного административного здания. При реализации этого проекта древний храм планировалось снести. В конечном итоге новое здание облисполкома было возведено на улице Герцена, а в бывшую Казанскую церковь переехала служба ревизоров автоколонны № 1117.

Возрождение Покровско-Казанского прихода началось в начале 1990-х годов стараниями протоиерея Василия Павлова и общины верующих, которую возглавила Д. Н. Тихомирова. В 1992 году обезглавленное здание Казанской церкви было передано Покровской общине. С того времени и началось восстановление храма. На начало 2010 года восстановлено завершение четверика, две главки над трапезной. Многие годы помощь в возрождении Казанского храма Вологды оказывает ООО «Вологдарегионгаз». В реставрацию памятника предприятие вложило около двух миллионов рублей собственных средств. В настоящий момент ведутся работы по восстановлению колокольни церкви.

Указом Президента Российской Федерации от 20.02.1995 № 176 «Церковь Казанская, 1760 г. каменная, Торговая площадь, 6» поставлена на государственную охрану в качестве объекта культурного наследия федерального значения.

Казанский храм вместе с храмом Покрова на Торгу входит в Архиерейское Покровское подворье.

Церковь святого благоверного князя Александра Невского (ранее Николая Чудотворца на Извести) находится на правом берегу реки Вологды, близ теплого кафедрального Воскресенского собора, юго-восточнее архиерейского дома. Храм удачно дополняет панораму соборов со стороны реки. Территория, на которой он располагается, в прежние времена именовалась «Известной горой» (известковая насыпь оставалась здесь со времен Ивана Грозного, когда по его указу в Вологде осуществлялась постройка каменной крепости кремля и Софийского собора).

Основание церкви, по свидетельству одного старинного сказания, относится ко времени царя Иоанна Грозного, а именно к 1554 году, когда по преданию в Вологду из Вятской земли была принесена икона Святого Николая Чудотворца Великорецкого. В 1555 году по царскому указу святая чудотворная икона была перенесена в специально построенный для нее новый деревянный храм. Располагался он в стороне от сегодняшней Кремлевской площади, напротив бывшего Ильинского мужского монастыря, в районе нынешней улицы Засодимского.

В начале XVII века деревянная церковь Николая Чудотворца по благословению епископа была перенесена к кафедральному Софийскому собору и архиерейскому дому. Во время польско-литовского нашествия и «вологодского разорения» в сентябре 1612 года чудотворный образ Николая Великорецкого был скрыт в известковой насыпи монахом Исаием и таким образом сохранен от поругания. Деревянная церковь Николая Чудотворца сгорела в июне 1698 года во время сильного пожара, затронувшего всю набережную города от Вознесенской церкви до Софийского собора.

Год построения каменного храма Николая Чудотворца на Извести точно не известен. В «Исторических и топографических известиях о г. Вологде…» А. А. Засецкого (1782 год) она значится каменной. «Вологодский иллюстрированный календарь» за 1893 год относит ее возведение к концу XVIII столетия (после 1780 года). Г. К. Лукомский в начале XX века так описывал храм: «Церковь очень хороших форм – окрашена в два тона, стиль ее указывает на единовременную постройку в начале XVIII столетия. Прекрасен портал входа».

Судя по архитектуре церкви, можно предположить, что она построена во второй половине XVIII века в стиле позднего московского барокко. Состоит из двух четвериков, стоящих рядом, меньшего (теплый храм), примыкающего к высокой колокольне, и большего (холодный храм) с полукруглым алтарным выступом. Не установлено и то, на чьи средства и пожертвования построена каменная церковь Николая Чудотворца на Извести.

В западной части храма (трапезной) была теплая церковь с придельными престолами: справа – во имя Святого Николая Чудотворца, слева – во имя Преподобного Кирилла Новоезерского. Престол холодного храма был освящен в 1811 году Преосвященным Евгением, епископом Вологодским, во имя Нерукотворного образа Господня. По названию этого престола в ряде источников церковь Николая Чудотворца на Извести указывается и как храм Нерукотворного Образа Господня.

Церковь Николая Чудотворца оставалась приходской до 1826 года. По причине того, что к этому времени многие приходские дома вокруг нее были снесены, а оставшиеся прихожане были не в состоянии содержать церковь, она была приписана вместе со своим имуществом и угодьями к Вологодскому кафедральному собору, прихожане церкви определены в приход Покровской церкви на Торгу. После этого богослужения в храме Николая Чудотворца на Извести совершались лишь в воскресные и праздничные дни.

В 1860-е годы церковь Николая Чудотворца усилиями вологжан была отремонтирована снаружи и полностью перестроена внутри. В частности, именно тогда старая колокольня шатрового типа была заменена на новую – шпилевидную. Надстройка не испортила храма: стройная и высокая она, напротив, придала легкость всему силуэту церкви.

В 1869 году в память о чудесном спасении императора Александра II у ворот Летнего сада в Санкт-Петербурге от выстрела Д. Каракозова 4 апреля 1866 года, храм Николая Чудотворца на Извести был переосвящен в церковь святого благоверного князя Александра Невского – небесного покровителя монарха.

После перевода в Вологду в 1910 году 198-го Александро-Невского пехотного полка церковь Александра Невского стала единственным в городе полковым военным храмом.

В 1924 году (по другим данным 9 апреля 1929 года) храм был закрыт и приспособлен под нужды клуба строителей. В годы Великой Отечественной войны в нем располагалась воинская часть. После войны – управление «Главкинопроката». Позднее, до 1993 года – лыжный прокатный пункт. В нем располагались складские помещения, изящный шпиль колокольни и крест над холодным храмом были утрачены.

Решением исполкома Вологодского областного совета народных депутатов от 16.11.1978 № 653 «Церковь Александра Невского, XVIII в., каменная, Кремлевская пл. (ныне ул. Сергея Орлова, 10)» поставлена на государственную охрану в качестве объекта культурного наследия регионального значения. В ходе реставрации памятника был восстановлен шпиль колокольни и крест над храмом.

Возвращен верующим в 1997 году. 20 ноября 1997 года в возрожденном храме совершена первая литургия. 6 декабря, в день храмового праздника, освящен престол. Богослужения с той поры стали регулярными.

В церкви сделан новый иконостас. Иконы для него написаны вологодским иконописцем А. Зубовым. Восстановлен существовавший ранее придел преподобного Кирилла Новоезерского. Интересна история появления в Александро-Невском храме его образа. Старую и грязную икону принесла одна прихожанка. Непонятно было даже кто на ней изображен. Настоятель храма отец Андрей Пылев свидетельствовал, что образ без очистки и реставрации начал постепенно просветляться. Наблюдая за ее обновлением, приход делал фото-фиксацию. Постепенно проступило золочение. И вскоре выяснилось, что это образ преподобного Кирилла Новоезерского.

6 мая 2004 года, в день преподобного Георгия Победоносца, в церкви Александра Невского был открыт мемориальный комплекс памяти воинов-вологжан, погибших в Афганистане и Чечне. Фамилии погибших высечены золотыми буквами на мраморных плитах.

В храме находится частичка мощей благоверного князя Александра Невского и святителя Игнатия (Брянчанинова), уроженца Грязовецкого уезда Вологодской губернии.